Флаг Грачевского района представляет собой прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух неравных горизонтальных полос: белой (в ¼ ширины полотнища) и голубой (в ¾ ширины полотнища); посередине полотнища фигуры из герба района, выполненные белыми, серыми, черными, желтыми и оранжевыми цветами.
Герб и флаг муниципального образования «Грачевский район» Оренбургской области утвержден Решением Совета Депутатов от 20.02.2007 № 128-рс.